Todo o resultado operacional líquido da FUNDEP é revertido em programas de incentivo à pesquisa e apoio acadêmico à UFMG. Para isto, foram constituídos, pelo Conselho Curador, o Fundo FUNDEP de Apoio Acadêmico, o Fundo FUNDEP de Apoio Institucional e o Prêmio FUNDEP.

O Fundo FUNDEP de Apoio Acadêmico, instituído em 1986, tem a finalidade de contribuir para o desenvolvimento da pesquisa, ensino e extensão da UFMG, particularmente nas áreas pouco fomentadas ou de interesse estratégico da Universidade; é composto por 30% do resultado operacional líquido anual da FUNDEP.

O Fundo FUNDEP de Apoio ao Desenvolvimento Institucional da UFMG, criado em dezembro de 2.000, disponibiliza 40% do resultado operacional líquido, em caráter permanente, para as ações da Universidade que atendam às necessidades de obras civis de infra-estrutura de edificações voltadas prioritariamente para a pesquisa.

O Prêmio FUNDEP é conferido a cada três anos a pesquisadores e professores em exercício na Universidade que tenham realizado obras de valor para o avanço e o desenvolvimento de quaisquer dos ramos das Ciências, das Letras e das Artes. Ele é distribuído nas seguintes áreas do conhecimento: Ciências da Vida; Ciências Exatas e da Terra; Humanidades e Artes; Saúde; e Tecnologias. O Prêmio consiste em diploma e importância em moeda nacional, fixada no ano da premiação pelo Conselho Curador. Desde sua criação, em 1986, foram premiados quinze professores.